TATYANA-K, добрый день!
Цитата: У нас строительная организация. Для выполнения СМР организация закупает материалы и оборудование без НДС.
если вы являетесь организацией на ОСНО, то вы являетесь налогоплательщиком НДС(ст. 143 НК РФ)
согласно п.п. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом налогообложения НДС является "реализация товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации, в том числе реализация предметов залога и передача товаров (результатов выполненных работ, оказание услуг) по соглашению о предоставлении отступного или новации, а также передача имущественных прав."
"Если иное не предусмотрено договором подряда, работа выполняется иждивением подрядчика - из его материалов, его силами и средствами." (п. 1 ст. 704 ГК РФ)
Цитата: Монтирует его и выставляет заказчику акт выполненных работ КС -2, прописывая закупленный материал и оборудование.
у вас по договору с заказчиком работы выполняются из материалов, закупленных заказчиком?
немного не понимаю, где вы в КС-2 прописываете закупленный материал и оборудование, там предусмотрены только графы для указания информации по работам.